Bach se mantuvo en su puesto en Leipzig hasta su muerte en 1750 a pesar de que sus problemas de cataratas lo dejaran virtualmente ciego. Siempre había sido algo miope y la luz de las velas y tanto trabajo nocturno no había beneficiado a sus ojos, el caso es que lo convencieron para que el prestigioso cirujano Taylor, le operase. Éste, con un bisturí de la época, manipuló los ojos de Bach, que después de la operación casi no veían nada. Se le práctico una segunda operación, para aumentar la vista, que le dejo totalmente ciego. Posteriormente el mismo Taylor dejaría también ciego a Haëndel al operarlo de cataratas. La última composición de Bach, un preludio coral titulado "Ante Tu Trono, Mi Señor, Yo Me Mantengo", fue dictada a su yerno solo unos pocos días antes de su muerte.
