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Entre algunas de las numerosas atrocidades cometidas por Ishii y los que se encontraban bajo su mando en la Unidad 731 se incluyen: la disección de personas vivas (incluidas mujeres en estado, embarazadas por los propios médicos), extremidades amputadas a presos y vueltas a colocar en otras partes de su cuerpo, miembros de algunos presos congelados y descongelados para estudiar el resultado de la cangrena producida. También utilizó seres humanos para probar el resultado sobre ellos de granadas y lanzallamas. Se inyecto a prisioneros virus, de los que no se sabía a ciencia cierta si existía vacuna, para estudiar sus efectos. También estudio los efectos de las enfermedades venéreas, los presos, tanto hombres como mujeres fueron deliberadamente infectados con sífilis y la gonorrea, mediante violaciones, para su posterior estudio.

Por suerte para él, con el final de la guerra se concedió la inmunidad por la autoridades con lo que Ishii nunca fue juzgado ni fue a la cárcel por sus crímenes. Murió a la edad de 67 años de cáncer de garganta.